Изначально режиссеры в роли Нео видели Джонни Деппа.

Но студия не поддержала его кандидатуру склонившись в сторону Брэда Питта или Вэла Килмера. Также был проигнорирован Том Круз, Юэн МакГрегор,Николас Кейдж и даже Уилл Смит и Леонардо Ди Каприо.

Агентом Смит хотели сделать Жана Рено, но он выбрал сняться в «Годзилле».

На роль Морфиуса так же не приняли самого Гари Олдмана и Сэмюэля Л. Джексона. Роль была предложена Шону Коннери, но он отказался так как не понял сценария.

Помните великолепную сцену с вертолетом? Ради этой сцены были изменены законы! На самом деле ее съемки чуть не привели к закрытию всего проекта, а все из-за того, что на самом деле съемочная группа не удосужилась получить необходимые разрешения тем самым нарушила сразу несколько законов. В итоге вертолет пролетел через закрытое для полетов воздушное пространство, но в конце концов законы были изменены для того, чтобы продолжились съемки фильма.

Все знают знаменитый кадр, в котором мелькает паспорт Нео где можно разглядеть его данные. Так вот в графе окончания действия паспорта стоит весьма печально известная дата – 11 сентября 2001 года. Удивительно, что фильм вышел раньше - в 1999 году. Возможно это был знак?

Кэрри-Энн Мосс (Тринит) роль в «Матрице» принесла всемирную известность. Удивительный факт, что в 1993 году актриса снималась в телесериале с точно таким же названием - «Матрица».

До начала работы над фильмом все актеры главных ролей, а также основные члены съемочной группы обязаны были прочитать книгу Жана Бодрийяра «Симуляры и симуляция». Интересно, что сам автор книги утверждал, что «Матрица» неправильно понимает и тем самым искажает его работу.

Очки главных героев "Матрицы" предоставил лейбл Blinde. Среди 3 компаний-производителей солнцезащитных очков, которые приняли участие в конкурсе, были так же Ray-Ban и Arnette. Но тендер выиграли абсолютно не известные на тот момент Blinde.

В 2002 году эффект «медленно летящей пули» был использован более чем в 20 различных фильмах. В последствии чего разгорелись споры на тему того кому же все таки принадлежит авторство этого «трюка».

Перед началом съемок фильма актеры главных ролей четыре месяца тренировались, изучая основы восточных единоборств. Длилось это обучение с октября 1997 года по март 1998 года. Не смотря на то, что актеры не ожидали таких нагрузок обучение длилось с октября 1997 года по март 1998 года.

Исходя из сценария - Тринити означает «троица», поэтому номер комнаты, в которой зритель встречает ее вначале фильма — 303. 

Нео — анаграмма слова «оne» (первый, избранный, номер один) соответсвенно номер его квартире был — 101. 

Во время съемки фильма царил настоящий дух азиатской культуры. Команда Юэн Ву-Пина, специалиста по боям, ежедневно зажигали ароматичные свечи и кормили традиционными восточным блюдами на удачу.

На самом деле, говорить о том, что фильм «Матрица» был снят братьями Вачовски - не корректно, ведь Лоуренс Вачовски в 2006 году стал девушкой Ланой. В 2012 году ему, а точнее ей, даже была вручена премия Visibility Award от Кампании за права человека.

Также существует альтернативная версия концовки трилогии «Матрица». Согласно ей - Сиона никогда не существовало – все это плод компьютерного кода. Этот злостный код дает людям надежду и сам ее же отбирает. В соответсвии с этим Нео - один из многих Нео, «спасающих мир» по кругу. В данной концовке представлен мир после апокалипсиса из которого уже никак не выбраться так как все люди находятся в матрице и подчинены машинам. Это что-то похоже на сон внутри сна, как в фильме Кристофера Нолана «Начало». 

Так или иначе, эта теоретическая концовка не имеет под собой реальных оснований, не смотря на то, что она активно обсуждалась в интернете - реальных источников не найдено.